熒光分光光度計在使用時，需要注意開機次序，以保護設備之間不受影響。熒光光譜儀開機順序一般為先開氙燈，然后開儀器主機，后開跟儀器連接的計算機。如此操作的原因在于穩態氙燈是高壓點亮，為了避免瞬間脈沖電流對周圍設備造成影響，所以需要先開氙燈，等電流穩定后再打開周邊的電腦等設備。關機順序則相反。

     在進行發射圖譜掃描分析時，根據斯托克斯定律，設置的激發波長要比發射波長短，例如，激發波長λex=260nm，則發射起始波長應該從大于260nm的波長開始，比如270nm，發射結束波長為870nm。這樣一來，在激發光的2倍波長(520nm)、3倍波長(780nm)處都會出現激發波長的尖銳的倍頻峰，若與熒光光譜峰重疊，將會對測試產生干擾，需選用合適的濾光片將其濾掉。