1、超純水取水后很容易遭到環境污染，所以使用前取水(即取即用)方式時合適的。只有把超純水與環境接觸的時間縮到極短，才能夠獲得純度高的超純水。

2、在配置高純度的化學試劑時，盡量不要使用長時間儲桶中存放的超純水，因為儲桶經長時間使用后，會因雜質、微生物的污染而造成水質的劣化，像這種水，在使用時已經不再是超純水。

3、純水儲桶最好安裝空氣過濾器，防止環境因素造成的污染。

4、 儲水桶請勿放置在日光直射處，水溫上升，容易造成微生物繁殖。特別是半透明儲水桶，也會因為日光通透而造成藻類繁殖。

5、超純水取水時一定要將初期的出水放掉，以獲得穩定的水質。

6、取水時讓超純水順著容器側壁流入，盡量不要讓氣泡產生，可降低空氣污染。

7、請不要在終端濾器后再連接軟管，使用直接取水的方式才能獲得純度高的超純水。

8、長時間不用純水時，應將壓力儲水桶中的RO水全部放掉以防止污染。

9、超純水機若長時間不使用，再次使用時應把初期純水充分放掉以確保水質。